Alat baru yang penting untuk mengembangkan perawatan COVID-19, vaksin – Sains Terkini

Ilmuwan biomedis yang bekerja dengan COVID-19 memiliki alat baru untuk membantu mereka lebih memahami virus dan merasa yakin tentang model struktural yang mereka gunakan dalam penelitian mereka.

Wladek Minor, PhD, dari Fakultas Kedokteran Universitas Virginia, dan ahli biologi struktural lainnya telah memimpin tim ilmuwan internasional untuk menyelidiki struktur protein yang terkandung dalam virus – struktur yang vital untuk mengembangkan perawatan dan vaksin. Tim telah menciptakan sumber daya Web (https://covid-19.bioreproducibility.org/) yang memberikan para ilmuwan cara mudah untuk melihat kemajuan komunitas biologi struktural di bidang ini. Ini juga mencakup penilaian tim terhadap kualitas masing-masing model dan versi yang disempurnakan dari struktur ini, jika memungkinkan.

"Kami telah dengan hati-hati menganalisis model protein SARS-CoV-2 yang tersedia dan menyajikan hasilnya dengan tujuan membantu komunitas biomedis yang luas. Model struktural pada akhirnya adalah interpretasi dari para peneliti asli dan kadang-kadang tidak optimal. Inilah sebabnya mengapa set kedua mata untuk memvalidasi struktur penting sangat penting, "kata Minor, dari Departemen Fisiologi Molekuler UVA dan Fisika Biologis. "Dalam kebanyakan kasus, hanya koreksi kecil yang dapat disarankan. Namun, dalam beberapa kasus, revisi itu signifikan, terutama di daerah sensitif kompleks protein-ligan yang sangat penting untuk penelitian tindak lanjut, seperti pekerjaan penemuan obat. Kesehatan saat ini krisis menuntut bahwa semua struktur SARS-CoV-2 memiliki kualitas setinggi mungkin. "


Ilmu dengan Kecepatan Petir

Ketika ancaman coronavirus menjadi jelas, para ilmuwan di seluruh dunia merespons dengan kecepatan yang belum pernah terjadi sebelumnya untuk menentukan struktur atom virus dan konstituen proteinnya.

Para peneliti menggunakan model struktural yang dihasilkan dalam berbagai aplikasi, mulai dari desain obat berbasis struktur hingga perencanaan berbagai eksperimen biomedis. Untuk alasan itu, sangat penting bahwa model atom seakurat mungkin. Karena urgensi pandemi, sebagian besar struktur ini disimpan di Protein Data Bank (PDB), repositori global struktur makromolekul, sebelum publikasi dan peer review.

Anggota tim, yang ahli dalam validasi dan interpretasi struktur, memperhatikan peluang untuk meningkatkan beberapa model SARS-CoV-2 menggunakan pendekatan penyempurnaan yang canggih. Itu membuat mereka menciptakan sumber daya web baru. Ini diperbarui dengan struktur baru setiap minggu, selaras dengan PDB.

Dalam beberapa kasus, tim telah bekerja dengan para peneliti yang membuat struktur asli untuk memastikan bahwa situs tersebut berisi model yang paling akurat. Tim ini memiliki pengalaman lama dalam memperbaiki model struktural yang penting secara biomedis – misalnya, di bidang resistensi antibiotik.

"Bekerja pada sebuah proyek yang didorong oleh kolaborasi internasional yang kuat adalah peluang besar bagi para ilmuwan muda, seperti Ivan Shabalin dan Dariusz Brzezinski, yang tidak diragukan lagi akan memimpin studi yang sangat berdampak lainnya dalam waktu dekat," kata Minor.

"Sangat bermanfaat untuk dapat menambah keahlian saya pada sebuah proyek yang memiliki potensi untuk membuat dampak besar pada kehidupan jutaan orang," kata Shabalin.

COVID-19 Sumber Daya

Tim telah menggambarkan sumber baru dalam artikel akses gratis yang diterbitkan di Internet Jurnal FEBS.

Kolaborator proyek termasuk Alexander Wlodawer, dari National Cancer Institute (NCI); Zbigniew Dauter, dari NCI & Argonne National Laboratory; Shabalin, dari UVA; Miroslaw Gilski, dari A. Mickiewicz University (AMU) & Institut Kimia Bioorganik (IBCH), Akademi Ilmu Pengetahuan Polandia; Brzezinski, dari Universitas Teknologi Poznan & IBCH, Polandia, dan UVA; Marcin Kowiel, dari IBCH; Bernhard Rupp, dari k.k. Hofkristallamt AS dan Universitas Kedokteran Innsbruck, Austria; dan Mariusz Jaskolski dari AMU dan IBCH.

Pekerjaan ini didukung oleh Institut Kanker Nasional Institut Kesehatan Nasional, Pusat Penelitian Kanker, hibah R01-GM132595; Institut Nasional Alergi dan Penyakit Menular, kontrak HHSN272201700060C; Badan Pertukaran Akademik Nasional Polandia, memberikan No. PPN / BEK / 2018/1/00058 / U / 00001 dan Yayasan Sains Austria.


You may also like...

Leave a Reply

This site uses Akismet to reduce spam. Learn how your comment data is processed.